После этого Мартыновым в издательстве В.М. Саблина в Москве (Петровка, 26) в 1913 году были опубликованы две брошюры под общим названием «Маньчжурские порядки» (выпуск 1 «Снабжение войск недоброкачественными продуктами» и выпуск 2 «Выдача китайцам чертежей железнодорожных мостов»), в 1914 году он опубликовал брошюру «Работа наших железнодорожных дельцов в Маньчжурии». Одновременно с публикацией первых двух брошюр в газете «Голос Москвы» (№114) было помещено открытое письмо Мартынова В.Н. Коковцеву. За «напечатание» в этих брошюрах «служебных документов» Мартынов был предан военному суду, а за оскорбительные выражения по адресу Коковцева последний возбудил против Мартынова преследование по линии гражданского суда.

5 ноября 1913 года Особое присутствие Московского военно-окружного суда при закрытых дверях постановило: «Подсудимого, состоящего в отставке генерал-лейтенанта Евгения Ивановича Мартынова как признанного виновным в разглашении без дозволения ряда служебных бумаг и телеграмм, в разглашении в шести случаях служебных телеграмм, подлежащих тайне и недозволенном сообщении в двух случаях служебных бумаг, отмеченных им же надписью «секретно», считать отставленным от службы с последствиями, указанными в ст. 44 XXIV Свода военных постановлений 1869 года, изд. 4, то есть с лишением пенсии и воспрещением в течение трех лет занимать должность на государственной и общественной службе»⁷. Мартынов подал в Главный военный суд кассационную жалобу, однако в заседании этого суда 6 февраля 1914 года было вынесено постановление: жалобу «оставить без последствий»⁸. Что же касается обвинения Мартынова в диффамации, то есть опубликовании в печати (действительных или мнимых) сведений, позорящих В.Н. Коковцева, то Московский окружной суд в заседании 21 марта 1914 года «постановил приговор», что генерал Мартынов действительно «употребил выражения, порочащие честь, достоинство и доброе имя бывшего председателя Совета министров (на этом посту Коковцев пробыл с сентября 1913 года по 30 января 1914 года. — А.К.), но что он, Мартынов, невиновен, так как все употребленные им выражения «доказаны документально и соответствуют истине»⁹. В своей книге «За что я был предан суду и осужден», напечатанной в московской типографии П.П. Рябушинско-го (Страстной бульвар, собственный дом) в 1914 году, Мартынов подробно описал все события, связанные с указанными выше событиями.

В 1913 году Мартынов в качестве корреспондента московской газеты «Утро России» принимал участие во 2-й Балканской войне, результатом чего стала его книга «Сербы в борьбе с царем Фердинандом. Записки очевидца» (М., 1913).

20 июля 1914 года в связи с мобилизацией Мартынов как георгиевский кавалер направил Николаю II прошение, в котором писал, что «ввиду могущих возникнуть военных действий» он просит отменить приговор суда и разрешить вновь вступить в службу». 19 июля «воспоследовало Высочайшее соизволение на дарование осужденному к оставлению от службы генерал-лейтенанту Мартынову помилования»¹⁰. Мартынов был назначен в распоряжение начальника штаба Юго-Западного фронта генерала М.В. Алексеева и по прибытии в действующую армию, еще не получив назначения, утром 10 августа вылетел из Дубно на аэроплане вместе с летчиком А. Васильевым с целью производства стратегической разведки на Львов, где